(1) избор на опрема. Постојат некои проблеми при изборот на фармацевтска опрема, како што се избор врз основа на искуство (без фактичка пресметка или недоволна пресметка на податоци), слепа потрага по напредок и недоволно истражување на физички податоци, што сериозно влијае на практичноста и економичноста на опремата.

(2) инсталација и обука на опрема. Во процесот на инсталација на фармацевтска опрема, често се обрнува внимание на напредокот во изградбата, игнорирајќи го квалитетот на изградбата, што доведува до зголемување на трошоците за одржување на опремата во подоцнежниот период. Покрај тоа, несоодветната обука за персоналот за одржување и работа на опремата, исто така, претставува ризик за управувањето и одржувањето на фармацевтската опрема.

(3) недоволно инвестирање во управување и одржување на информатизацијата. Денес, иако многу претпријатија придаваат големо значење на управувањето и одржувањето на опремата, како и на управувањето со евиденцијата за одржување на опремата и евиденцијата на основните параметри и некои од нив се завршени, сепак постојат некои проблеми, како што се тешкотијата за обезбедување континуирани податоци за одржување, недостатокот на ефикасни информации за спецификациите на фармацевтската опрема, како што се спецификации, цртежи итн., што ја зголемува тешкотијата на управувањето, одржувањето и реконструкцијата на опремата.

(4) систем за управување. Недостатокот на ефикасен систем за управување и методи, што резултира со недоволен персонал за одржување на фармацевтската опрема, недостаток на стандардизација во работата на персоналот за одржување, оставајќи скриени безбедносни опасности поради управувањето со фармацевтската опрема и процесот на одржување.